Las relaciones entre diferentes organismos pueden establecerse a partir de características observables y traducirse a la forma de un árbol filogenético.
Para ello, primero debemos elegir características comparables entre los diferentes seres vivos que queremos clasificar y luego compararlos.
Luego, para cada carácter, determinamos si es una forma ancestral o una forma derivada (o evolucionada).
Esto se hace observando las características de las especies que se sabe que no tienen características derivadas entre las elegidas. Esta especie es el extragrupo.
Finalmente, se aplica una regla simple: dos especies están más relacionadas cuanto más comparten una gran cantidad de rasgos derivados heredados del mismo antepasado común.
Por tanto, estas especies se agrupan en grupos denominados clados o taxones en los que todas las especies tienen el mismo ancestro común definido por la aparición de un rasgo derivado.
Un árbol filogenético también permite contar una historia evolutiva ya que los personajes derivados aparecen uno tras otro a lo largo del tiempo.